El objetivo de este trabajo fue analizar las variaciones temporales del fitoplancton e identificar y cuantificar las cianobacterias y cianotoxinas de la laguna Aeroclub (27º28'S-58º43'W), entre octubre de 2005 y mayo de 2008. La densidad del fitoplancton osciló entre 59 y 7113 ind.m1· 1 y estuvo representado por ocho grupos taxonómicos, con dominancia de Cyanobacteria > Chlorophyceae > Cryptophyceae. Las cianobacterias predominaron durante la mayor parte del estudio (48% de los muestreos) con un rango de variación entre 3 (25-10-07) y 6741 ind.ml-1 (17-03-06). Su densidad presentó correlación estadísticamente significativa con la temperatura del agua (r,= 0,511; p < 0,05; g.l. = 56). La identificación de cianotoxinas se realizó con material concentrado de Microcystis aeruginosa (Kütz.) Kütz. y M. wesenbergii (Kom.) Kom. Los resultados del análisis en HPLC mostraron cuatro variantes de microcistinas: LR, RR, YR y [D-Leu1] LR. Durante el estudio, en tres ocasiones Microcystis (M. aeruginosa + M. wesenbergii) superaron el límite máximo establecido por la OMS para un Nivel de alerta I (20000 cél.ml- 1 ). Debido a la escasa acción antrópica en suelos circundantes de la laguna y, la baja concentración de nutrientes detectada en sus aguas, es posible que las floraciones de cianobacterias no superen este nivel de alerta. Sin embargo, cambios en sus niveles tróficos u otras modificaciones antrópicas podrían alterar el actual equilibrio ecológico.