Penelitian gua-gua di Jawa khususnya Jawa Timur telah dilakukan oleh beberapa peneliti asing seperti van Es, van Stein Callenfels, Willems, dan H.R. van Heekeren di Kabupaten Ponorogo, Situbondo, Pacitan, Jember, Tuban, dan Bojonegoro. Penelitian tersebut lebih bersifat eksplorasi untuk menjajagi gua-gua hunian di Jawa. Sementara itu, secara tematis yang dititikberatkan pada studi spatial, Balai Arkeologi Yogyakarta telah melakukan penelitian pada kelompok gua di Kabupaten Jember (Gunung Watangan), Kabupaten Bojonegoro (Dander) dan di Kabupaten Ponorogo (Sampung). Sementara itu, penelitian serupa juga telah dilakukan oleh Pusat Penelitian Arkeologi pada kelompok gua di Kab. Gunungkidul sampai Kab. Pacitan (Gunung Sewu).