El área protegida Sierra de Quila en Jalisco posee una extensa red de arroyos permanentes y temporales donde los bosques de galería mantienen importantes procesos ecológicos y de conectividad biológica. Este trabajo describe su estructura florística arbórea en siete arroyos ubicados en el intervalo altitudinal de 1 876 y 2 200 m. Se establecieron 29 sitios de muestreo de 500 m2 cada uno (1.45 ha) en los que se midieron todos los individuos leñosos >7 cm de diámetro (DN). Se registraron 881 árboles, pertenecientes a 35 especies de 17 familias, entre los taxa dominantes se registraron Alnus acuminata, Clethra hartwegii, Pinus devoniana, Prunus serotina, Styrax ramirezii y Salix bonplandiana. La riqueza específica entre localidades varió de 10 a 22 especies, mientras que el Índice de Diversidad Shannon-Wiener fue de 1.8 a 2.6 nats y el de dominancia de Simpson de 0.12 a 0.48. El análisis de agrupamiento y el análisis de escalonamiento multidimensional no métrico (NMDS) evidenciaron 40 % de similitud florística entre arroyos. Se observaron diferencias en la densidad de especies latifoliadas entre sitios (p < 0.025), esto se confirma tanto por la disimilitud en la abundancia promedio de los taxa entre los lugares con vertiente norte y sur (PERMANOVA, F = 2.45, p = 0.0001), como la registrada para la altitud de los sitios (PERMANOVA, F= 1.71, p = 0.004).