De acuerdo con la Norma Oficial Mexicana NOM-059 SEMARNAT-2010, Pinus oocarpa no es una especie en peligro de extinción, pero sus poblaciones adaptadas localmente son de considerable valor como recursos genéticos, y en la actualidad son objeto de destrucción severa debido al cambio de uso de suelo. Por ello se llevó a cabo un estudio en tres de sus áreas naturales con el objetivo de determinar la variación fenotípica entre ellas. Se evaluaron 12 variables morfológicas: cinco dasométricas, tres de conos y cuatro de acículas; y se practicaron varios tipos de análisis: de varianza multivariado, de componentes principales y de agrupamiento. Se obtuvieron diferencias significativas (P<0.01) entre las poblaciones de Motozintla, General Leyva y Corazón del Valle para las variables dasométricas, conos y acículas. La de Corazón del Valle es fenotípicamente diferente a las de Motozintla y General Leyva. La variación en las características dasométricas está ligada a factores ambientales. Las correspondientes a los conos y las acículas muestran una fuerte tendencia a que las de Motozintla y General Leyva pertenezcan a una misma unidad genética y estén estrechamente ligadas a las poblaciones de América Central. Es posible que la variación inherente observada en las correspondientes a las de Corazón del Valle se restrinja a una adaptación local hacia un clima cálido subhúmedo, debido a la gran plasticidad ecológica de la especie.