Pengujian in vitro dan in vivo kayu secang (Caesalpinia sappan L.) sebagai antihiperglikemik sudah dilakukan sebelumnya dan memberikan hasil yang efektif, namun mekanismenya pada hewan belum diketahui. Penelitian ini bertujuan menganalisis mekanisme senyawa metabolit kayu secang (Caesalpinia sappan L.) yang dapat menghambat enzim α-amilase pada hewan melalui penambatan molekuler secara in silico. Profil farmakokinetik ligan diprediksi berdasarkan aturan Lipinski. Prediksi toksisitas dilakukan menggunakan admetSAR. Reseptor diperoleh dari basis data PDB (ID 1OSE). Ligan pembanding yang digunakan adalah akarbosa. Penambatan molekuler dilakukan dengan menambatkan ligan uji brazilin, protosappanin B, protosappanin C, dan sappanchalcone pada enzim α-amilase menggunakan Autodock Vina. Penambatan molekuler dianalisis dengan energi ikatan (ΔG), konstanta inhibisi, serta ikatan kimia. Hasil penambatan molekuler menunjukkan semua ligan uji memiliki potensi sebagai antihiperglikemik. Ligan uji brazilin memiliki aktivitas penghambatan enzim α-amilase lebih baik daripada akarbosa berdasarkan nilai ΔG dan %BSS.