Tradicionalmente, se considera que la mayor diversidad de especies ocurre en sitios conservado. Sin embargo, los ambientes modificados como los agroecosistemas pueden contener una parte importante de la diversidad original. En este trabajo, comparamos la herpetofauna de cuatro agroecosistemas en dos localidades del estado de Guanajuato. Janicho y Urireo, con un sistema de producción de temporal, y El Copal y San Nicolás de los Agustinos, con sistema de riego. Así mismo, comparamos la herpetofauna de estos sitios (no conservados) con la de sitios semiconservados y conservados del estado de Guanajuato. Encontramos que la localidad de El Copal, presento el mayor número de especies, lo que sugiere que, al ser un sistema de producción de riego, aporta a los anfibios y reptiles que se encuentran en él, refugio y alimento constante, a diferencia de las localidades de Urireo y Janicho, con sistemas de producción temporal, y que dependen de las lluvias para retener una mayor cantidad de especies. En el caso de San Nicolás de los Agustinos, consideramos que la cercanía con la selva baja permitió un flujo de especies en ambas direcciones, por ello, su menor cantidad de especies. Al hacer la comparación de los sitios (no conservados) de estudio con los semiconservados y conservados, encontramos que en conjunto albergan una herpetofauna equiparable con estos últimos. Sugerimos que los agroecosistemas, pueden funcionar a modo de zonas de refugio y alimentación temporal para las especies de anfibios y reptiles tolerantes a la perturbación, o que transitan de zonas perturbadas a aquellas semiconservadas y conservadas. Por lo tanto, sugerimos que, en estudios futuros, se analice con profundidad la estructura ecológica de estos sitios y determinar a partir de ello, hasta qué punto los agroecosistemas pueden mantener la diversidad de anfibios y reptiles.