El objetivo de realizar la terapia de antibióticos sistémicos en enfermedades periodontales se basa en la detección de microorganismos patógenos específicos iniciadores de la enfermedad periodontal destructiva, y dado que el antibiótico puede exceder las concentraciones necesarias para eliminar o inhibir la patología su uso es esencial. Por otra parte los antibióticos pueden ser prescritos en base a la necesidad clínica para un tratamiento específico en el paciente. De esta manera la terapia periodontal inicial debería incluir, un desbridamiento mecánico de raíz en combinación con cirugía, si fuera necesario. Así la enfermedad periodontal aparece progresando y la inflamación no se resuelve, por lo cual es indispensable realizar un examen microbiológico de la microbiota gingival, ya que, puede ayudar a determinar la presencia y la cantidad remanente de microorganismos patógenos periodontales. Este documento va dirigido a los docentes y a los estudiantes, ya que en la práctica clínica y docente es muy importante informar lo relativo a estos conceptos que forman parte de la formación de los estudiantes en su práctica clínica y para el docente sirve como apoyo en la actualización de estos conocimientos para poder dar un mejor tratamiento al paciente. Finalmente dado que en la práctica clínica el uso de antibióticos es necesario, es nuestro deber como docentes conocer los principios básicos del uso responsable de los antibióticos en las enfermedades periodontales.