Introdução: O objetivo deste trabalho é avaliar a eficácia, em dois períodos de tempo, do hipoclorito de sódio e da clorexidina na desinfecção de cones de guta-percha. Métodos: Foram utilizados 50 cones de gutapercha previamente contaminados com cepas de bactérias do gênero Enterococcus faecalis (ATCC 29212), em culturas puras. Para o processo de descontaminação, os cones foram divididos em quatro grupos, contendo 10 amostras cada: G1- hipoclorito de sódio (NaOCl) a 5,25% por 30 segundos; G2 - NaOCl a 5,25% por 1 minuto; G3 - clorexidina a 4% por 30 segundos; G4 - clorexidina a 4% por 1 minuto. Após esse período, os cones foram introduzidos individualmente em tubos de ensaio contendo caldo de BHI, mantidos em estufa bacteriológica a 37ºC por 72 horas, quando foi avaliada a presença de contaminação através da turvação do meio. Para o grupo-controle positivo, empregaram-se 2 cones, que foram contaminados e colocados em tubos de ensaio e, para o controle negativo, 8 cones foram apenas descontaminados, sendo colocados 2 cones em cada uma das soluções desinfetantes, por 30 segundos e por 1 minuto. Resultados: Verificou-se a ausência de crescimento bacteriano nos grupos 1, 2, 3 e 4, em todos os períodos experimentais. No controle positivo, houve 100% de contaminação e, no controle negativo, ausência de crescimento bacteriano. Conclusão: As soluções de NaOCl a 5,25% e de clorexidina a 4%, por períodos de tempo de 30 segundos e de 1 minuto, possuem efetividade antimicrobiana contra o Enterococcus faecalis, podendo ser utilizadas na desinfecção de cones de guta-percha nos tempos testados.