A Nova Economia Institucional e a Ecologia Organizacional são teorias que podem ajudar no entendimento da heterogeneidade agrícola brasileira. Esta diversidade é marcada por fortes desigualdades sociais e econômicas, causadas por desequilíbrios regionais, concentração produtiva em poucas atividades e fatores de produção. A Nova Economia Institucional contempla as estruturas de governança e o ambiente institucional, possibilitando o estudo das relações no meio rural. Já a Ecologia Organizacional pode explicar a existência da heterogeneidade das organizações agrícolas, destacando a sua adaptação a essa diversidade. Assim, o objetivo deste trabalho foi comparar as duas teorias expostas e as suas respectivas aplicações no estudo da heterogeneidade agrícola, por meio de pesquisa bibliográfica. Os resultados demonstram que a Nova Economia Institucional relata a heterogeneidade agrícola com mais clareza do que a Ecologia Organizacional.