Die wachsende Anzahl an charakterisierten molekularen Rezeptoren liefert die Basis für das struktur-basierte Design von aktiven Verbindungen zur Entwicklung eines neuen Medikamentes. Ausgehend von einer bekannten oder hypothetischen Wirkungsweise oder einem Bindungsmechanismus wird eine vernünftige Vorlage entworfen, die später experimentell getestet werden kann. Im Gegensatz zum experimentellen High Throughput Screening (HTS), mit dem man potentielle Medikament-Kandidaten in Form von chemischen Verbindungen erhält, liefert das sogenannte Virtual Screening (VS) einfach Computer-Treffer. Die Verbindungen werden auf der Basis eines verfeinerten Docking Algorithmus mithilfe einer approximativen Energiefunktion selektiert um sie als mutmaßliche Treffer zu reihen.