A evolução no campo da genômica e áreas afins nos últimos anos vêm permitindo estudos cada vez mais detalhados do microbioma humano. O trato gastrointestinal, mais precisamente o intestino, é o local que apresenta uma maior quantidade e diversidade de microrganismos, sofrendo então grande influência para a manutenção da homeostase, deste modo, nessa revisão procuramos resumir literaturas recentes sobre o microbioma intestinal e evidência de como sua composição no hospedeiro pode influenciar o seu metabolismo e a ocorrência de algumas doenças crônicas não transmissíveis, com elevada prevalência na população atual. O microbioma intestinal pode ser um importante intermediário entre a saúde e bem estar do hospedeiro quando em equilíbrio, podendo vir a atuar como um coadjuvante no tratamento e prevenção de determinadas patologias, é notável que a prevalência de bactérias patogênicas gastrointestinais, causará um desgaste nas interações consideradas benéficas, levando o indivíduo ao estado patológico.