Se analizó la diversidad específica de 689 larvas de peces colectadas en los periodos de creciente y vaciante del 2012 en siete estaciones de colecta en las cuencas del Napo, Arabela y Curaray. Las larvas fueron identificadas mediante secuenciamiento nucleotídico del gen Citocromo oxidasa sub unidad I (COI). Los resultados muestran diferencias en la abundancia de larvas entre los periodos hidrológicos (165 y 524 larvas, respectivamente, en creciente y vaciante) y entre cuencas. Se identificaron un total de 11 especies. En la época de creciente, predominaron las larvas de la especie Pimelodus blochii cunchi (142 = 86,06% de la captura), en tanto que en la época de vaciante predominaron las larvas de la especie Hydrolicus scomberoides huapeta (404=77,10% de la captura). La estación con mayor número de larvas en la época de creciente fue Shapajal - río Curaray (137 larvas – 83,03%), mientras que en la época de vaciante fue Boca del Curaray - río Napo (340 larvas – 64,89%). En el río Arabela no fue registrada la presencia de larvas en ninguno de los dos periodos hidrológicos evaluados. Larvas de bagres como el dorado Brachyplatystoma rosseauxii, el saltón B. filamentosum y tabla barba B. platynemum, fueron encontradas en los ríos Curaray y Napo, confirmando la importancia de los ríos de aguas blancas en el mantenimiento del ciclo de vida de estos grandes bagres.