Se evaluaron los niveles de colonización micorrícica y la morfología de los hongos que forman micorrizas arbusculares (MA) en especies de plantas en las siguientes opciones de manejo de suelos: 1) barbecho de bosque secundario de 15 años, 2) barbecho de bosque secundario de 5 años, 3) sistema de producción en multiestrato, 4) plantación de Bactris gasipaes, pijuayo, 5) sistemas de cultivos continuos con bajos insumos y 6) sistema de cultivos continuos con altos insumos. Se encontraron altos niveles de colonización en la mayoría de árboles (> 70%). Algunos árboles con pelos radiculares largos tuvieron niveles más bajos de colonización micorrícica que en aquellos sin estas estructuras radiculares. En algunos árboles, la colonización micorrícica aumentaba con el incremento de arcilla en el suelo. Los cultivos anuales tuvieron niveles de colonización micorrícica más bajos que la mayoría de árboles. Las estructuras morfológicas de los hongos MA observadas en las raíces de las especies evaluadas fueron altamente variables. Se podrían establecer asociaciones preferenciales de hongos MA/plantas hospederas, mediante la detección en la raíces de las plantas de algunas estructuras morfológicas inherentes a una especie de hongo MA en particular. Las especies de hongos MA pueden ser afectadas por el manejo del suelo. Especies de Glomus parecen tolerar rangos más amplios de acidez del suelo que especies de Acaulospora, las que están más restringidas a suelos ácidos. Especies de Gigaspora y Scutellospora fueron las menos predominantes en los suelos estudiados.