Objetivo: Describe the behavior of Natural Sciences journals indexed in Publindex (2004-2020). Método Resultados: en el índice bibliográfico nacional (IBN) hay 68 revistas en Ciencias Naturales, la mayor concentración se encuentra en el área de conocimiento Ciencias de la Tierra y Medioambientales (24%) y Ciencias biológicas (21%). En total se analizaron 50 revistas que corresponde al 74%, se excluyeron 18 (26%) por no ser representativas para el estudio. Entre 2004 y 2014 se registró un promedio anual de 54 revistas categorizadas en el IBN, con el nuevo modelo de clasificación el promedio bajo a 19 por año entre 2017-2020. Se identificaron 17197 publicaciones en Google Scholar y se depuro el 10,5% por duplicidad. Las revistas que concentran la mayor cantidad de publicaciones en el total general son Revista Colombiana de Física (6,5%), Acta Biológica Colombiana (6,3%), Revista Colombiana De Entomología (6,2%), Revista de La Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (6,1%) y Caldasia (6%) con más de 900 publicaciones. Se registra un total de 58716 citas y un promedio anual de 757 citas de las publicaciones. El análisis informétrico identificó “Caribe Colombiano” como la palabra con mayor concurrencia en las publicaciones. Las revistas con el índice h más alto son Caldasia (H=43), Revista de La Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (H=37) y Biota Colombiana (34). Luego de la simulación para los resultados de la Convocatoria Publindex 2020 en la fase 3, las categorías que registran aumento son A1 del (9%) y C (14%). Conclusiones: el 37% de las revistas en Ciencias Naturales tienen alta posibilidad de ser categorizadas en el IBN 2020. Se registra un descenso en la cantidad de publicaciones de las revistas y en las citas desde 2017 y 2018 respectivamente. Las revistas NOVA, Acta Biológica Colombiana, Biota Colombiana, Revista Lasallista de Investigación, Revista de La Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales y Caldasia registran los índices bibliométricos (H, G, HC, D) más altos, además, están categorizadas y proyectan seguirlo en 2020.