La eutrofización es un proceso natural en los ecosistemas acuáticos, se produce por el enriquecimiento del cuerpo de agua con nutrientes. Durante los últimos años el ser humano ha acelerado estos procesos de eutrofización modificando tanto la calidad de las aguas como la estructura de las comunidades biológicas, debido al aumento en la carga orgánica e inorgánica de los cuerpos de agua. La eutrofización reduce los usos potenciales de los recursos hídricos ya que induce a la mortalidad de especies animales, a la descomposición del agua y al crecimiento de microorganismos. Además, en muchas ocasiones los microorganismos se convierten en un riesgo para la salud humana, como es el caso de los agentes patógenos transmitidos por el agua, que constituyen un problema mundial.Para establecer la calidad microbiológica del agua, se evaluaron once puntos del Parque Natural Chicaque en época de lluvias (noviembre del 2010) y época seca (agosto del 2011). Se emplearon los indicadores coliformes totales, Escherichia coli y Enterococcus, la técnica utilizada fue la filtración por membrana, y la identificación de algunos microorganismos aislados se realizó con pruebas bioquímicas rápidas BD BBL Crystal. El aislamiento de coliformes totales, Escherichia coli y Enterococcus en el agua del Parque, indica la contaminación fecal de las aguas. La presencia de estos grupos de bacterias está relacionada con el impacto de las actividades del hombre y animales sobre los cuerpos de agua y el manejo de las aguas residuales.