<em>Dioscorea trifida</em> “sachapapa” es una de las especies promisorias amazónicas que podemos considerarla huérfana de la ciencia, por las escasas investigaciones que hay sobre esta especie. El objetivo de esta investigación fue determinar la diversidad genética intra e interpoblacional de <em>D. trifida</em> de cinco cuencas hidrográficas de la amazonía peruana. Las hojas fueron colectadas de una colección de germoplasma y purificó el ADN con métodos estándares. El polimorfismo genético se evaluó con la técnica RAPD y los parámetros de genética poblacional fueron estimados con el programa POPGENE. Los análisis espectrofotométrico (A₂₆₀/A₂₈₀=1,7±0,1) y electroforético (bandas de ADN íntegras) mostraron que el ADN purificado fue de alta calidad. Asimismo, la cantidad obtenida fue apropiada para estudios de diversidad genética (rendimiento promedio = 582±248 mg ADN/mg hojas). La diversidad genética intrapoblacional más alta se encontró en la cuenca del Itaya (<em>h</em> = 0,24±0,11) y la más baja en la cuenca del Marañón (<em>h</em> = 0,10±0,04). Adicionalmente, la diversidad genética interpoblacional más alta se registró entre las poblaciones de Itaya vs Ucayali (G_ST = 1,00), mientras que la más baja entre las poblaciones de Nanay vs Tapiche (G_ST = 0,07). En conclusión, <em>D. trifida</em> muestra variación en su diversidad genética intra e interpoblacional en las cinco cuencas hidrográficas de la amazonía peruana, siendo la cuenca del Itaya la que presenta mayor diversidad genética intrapoblacional y las poblaciones de Itaya vs Ucayali las que presentan mayor diversidad genética interpoblacional, que en parte se atribuyen al flujo de genes diferencial entre las poblaciones analizadas.