O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito citotóxico e genotóxico do antisséptico bucal gluconato de clorexidina por meio do teste de Allium cepa. As soluções utilizadas foram 0,03%, 0,06% e 0,12%, além do controle positivo e negativo. Observou-se 1.000 células por tratamento. Os efeitos citotóxicos e genotóxicos foram avaliados pelo índice mitótico e aberrações cromossômicas e os dados submetidos à comparação por meio do teste ANOVA considerando I.C. 95% 3p < 0,05.Os resultados evidenciaram um decréscimo no índice mitótico nas células meristemáticas das cebolas submetidas às soluções de gluconato de clorexidina em todas as concentrações, diferindo-se estatisticamente do controle. Em todas as concentrações aconteceram alterações numéricas referentes às aberrações cromossômicas e presença de micronúcleos. Contudo, estatisticamente não houve significância no que se refere à citotoxicidade, evidenciando-se apenas significância nos parâmetros genotóxicos sobre as raízes de A. cepa.