Introducción: La indicación de una endoscopia de vías digestivas altas (EVDA) en niños con dolor abdominal crónico (DAC) tiene poca evidencia; sin embargo, se continúa solicitando en niños con desórdenes gastrointestinales funcionales (DGFs). Objetivo: Determinar la prevalencia y posibles asociaciones de DGFs en escolares de una Unidad de Endoscopia Digestiva Pediátrica mediante los Criterios de Roma III. Materiales y métodos: Estudio de prevalencia en 37 escolares. Fueron consideradas variables sociodemográficas, antropométricas y clínicas. El análisis estadístico incluyó estimación de la proporción de niños con DGFs y su correspondiente IC95%, estimación de porcentajes, promedios, desviaciones estándar y rangos, análisis univariado, posible presencia de asociación entre las variables; prueba exacta de Fisher, a dos colas, con un valor de significancia p<0,05. Resultados: La edad media fue de 11,3±2,1 años, siendo un 62,2% mujeres, con una prevalencia de DGFs del 73%, presentando más de la mitad de ellos, dolor abdominal funcional (DAF) y síndrome de intestino irritable (SII). No hubo diferencias significativas en cuanto a las variables sociodemográficas, antropométricas y clínicas. Conclusiones: En niños a quienes se les realiza una EVDA dentro del estudio de su DAC, la prevalencia de DGFs es alta, siendo los más frecuentes el DAF y el SII.