El objetivo del presente estudio fue brindar información actualizada sobre las poblaciones de Crocodylus moreletii en el departamento de Petén, Guatemala. Los muestreos se realizaron durante la época lluviosa del año 2013 en 10 cuerpos de agua, categorizados en sistemas acuáticos abiertos (ríos) y sistemas acuáticos cerrados (lagos y lagunas). Se avistaron un total de 301 individuos, con una Tasa de Encuentro (TE) de 1.11 cocodrilos/km en sistemas acuáticos abiertos y 0.7 cocodrilos/km en sistemas acuáticos cerrados. Sin embargo, las TE de C. moreletii en Guatemala son bajas en comparación con las de México y Belice, probablemente como consecuencia de las fuertes amenazas antropogénicas. Por esto se recomienda un monitoreo constante de las poblaciones silvestres, así como un programa de trabajo comunitario con las poblaciones humanas de la zona, con el propósito de promover la conservación de la especie desde la correcta coexistencia entre cocodrilos y humanos.