Mastitis merupakan radang pada glandula mammae (ambing) ternak perah. Mastitis tipe subklinis sering dikaitkan pada kejadian mastitis di peternakan ruminansia kecil seperti kambing perah (kambing Peranakan Etawah, Saanen, dan Sapera). Patogen utama yang berperan dalam kejadian mastitis ini adalah genus Staphylococcus. Tujuan penelitian adalah untuk melakukan identifikasi bakteri Staphylococcus sp. dan Staphylococcus aureus sebagai penyebab mastitis subklinis pada kambing perah dengan menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR). Tahapan metode yang dilakukan adalah ekstraksi DNA dengan teknik spin-collumn system terhadap 26 isolat bakteri yang telah dilakukan uji biokimia sebelumnya dan amplifikasi gen spesifik 23s rRNA Staphylococcus sp. dan Staphylococcus aureus, serta methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA), dilanjutkan dengan visualisasi menggunakan UV-transluminator. Hasil menunjukkan bahwa sebanyak 12 isolat sampel teridentifikasi Staphylococcus sp. dan 1 diantaranya teridentifikasi Staphylococcus aureus. Isolat yang teridentifikasi Staphylococcus aureus bukan termasuk MRSA.