La endogamia es un problema frecuente en poblaciones aisladas o en cautiverio, por esto es necesario implementar estrategias que minimicen su incidencia. El cocodrilo de pantano, Crocodylus moreletii, se aprovecha en cautiverio y la conservación de su variación genética es esencial para su explotación y en la toma de decisiones para la liberación de sus crías. El objetivo del estudio fue analizar la viabilidad poblacional, el riesgo de extinción y el tamaño efectivo de población de C. moreletii en cautiverio.Se utilizaron modelos de simulación y métodos directos y ecológicos con la finalidad de obtener las medidas demográficas y genéticas apropiadas para establecerse en los criaderos de C. moreletii. Seencontró que es factible establecer una población de 200 cocodrilos, lo que garantizará su sobrevivencia durante 50 años. El Ne debe ser mayor a 900 cocodrilos, con una proporción de sexos de un macho por 2.5 hembras y con clase de talla adulto-reproductivo; con esto, se tendría un aproximado de 84% de cocodrilos reproductores efectivos en la población total, y presentarían una tasa de endogamia menor al 5.5%. Esta información ayudará a conservar el 94% de la variación genética de la población de C. moreletii en cautiverio durante 100 años, y permitiría la transmisión de material genético viable a las crías para ser liberados al medio natural.