Od chwili powstania zakon franciszkański nie tylko strzegł sanktuariów w Ziemi Świętej, ale także prowadził działalność misyjną na terytoriach opanowanych przez islam. Artykuł przedstawia główne linie działalności franciszkańskich misjonarzy w okresie XIII-XVIII w. Początkowo bracia mniejsi ograniczali się do prowadzenia działalności duszpasterskiej wśród Europejczyków. Starano się w sposób stały i ciągły utrzymać wiarę chrześcijańską wśród egipskiej ludności, rozwijać dzieła charytatywne i ustanowić instytucjonalne struktury Kościoła katolickiego.