Objetivo. Analizar las tendencias del porcentaje de enfermedad diarreica aguda (EDA) e infección respiratoria aguda (IRA) y factores asociados en niñas y niños menores de cinco años en México. Material y métodos. Se estimaron los porcentajes de EDA e IRA en las dos semanas previas a la entrevista, con base en la Encuesta Nacional de Salud y Nutrición Continua 2021-2023 (Ensanut Continua 2021-2023) y se compararon con las reportadas en las Ensanut 2006, 2012 y 2018. Se identificaron, mediante regresión logística múltiple, factores asociados a EDA e IRA en 2021-2023. Resultados. Se estimó 7.8% de ocurrencia de EDA y 21.3% de IRA en 2021-2023, menores a años previos. Presentar EDA se asoció con tener uno o dos años vs. cuatro años; residir en las regiones pacífico-norte, pacífico-centro, centro-norte, Ciudad de México, Estado de México, pacífico-sur y la península vs. la frontera; y que una mujer sea jefa del hogar. Presentar IRA se asoció con hogares con nivel bajo de bienestar vs. nivel alto en las regiones pacífico-norte, la frontera, centro-norte, pacífico-sur y la península vs. el Estado de México. Conclusiones. Se recomienda fortalecer las capacidades de las autoridades de salud de los distintos niveles, con la sociedad civil, para prevenir la EDA y la IRA y asegurar acceso al agua potable con perspectiva de género.