La protección y conservación de los ríos en zonas de reserva y recarga de acuíferos en Colombia es de vital importancia y uno de los principales compromisos del gobierno, debido a que en estos ecosistemas se forman cuerpos hídricos, que ofrecen bienes y servicios, asociados al suministro de agua para las principales ciudades. El Santuario de Fauna y Flora Iguaque (SFFI) es un área protegida de la región andina colombiana, que presenta ecosistemas de páramo y bosque andino. Es administrado por Parques Nacionales Naturales de Colombia (PNN) y provee de agua a comunidades urbanas y rurales en su zona de influencia. Para determinar la calidad ecológica de la microcuenca Mamarramos se realizó un monitoreo, en el que se aplicó el protocolo CERA-S (Calidad Ecológica de Ríos Andinos Simplificado); esta herramienta integra la calidad hidromorfológica y el índice biótico ABI. En este estudio se realizaron tres jornadas de muestreo en estiaje (octubre, noviembre y diciembre de 2015) seleccionando 10 puntos de monitoreo sobre las quebradas Carrizal, Francos y Mamarramos. Los resultados obtenidos califican a la microcuenca en categoría excelente, proporcionando información que permite a los líderes políticos y comunitarios, tomar decisiones para acciones de conservación y prevención del deterioro del ecosistema por actividades antrópicas.