Colombia es un país geográficamente heterogéneo debido principalmente a la orografía andina, la cual propicia una red hidrográfica que combina diferentes órdenes de drenajes, fisiografías y tipos de agua, ubicados en cuatro vertientes: Caribe, Pacífico, Orinoquia y Amazonia. Las zonas hidrográficas o cuencas están clasificadas con base en la divisoria de aguas y han sido tratadas de forma regional solamente en términos de división política para manejar las cuencas por secciones. Una clasificación regional de los ecosistemas dulceacuícolas que conjugue tanto este criterio geográfico como uno biológico, no existe para Colombia, por lo que la planeación territorial y los tomadores de decisiones no contemplan los ecosistemas acuáticos como una unidad en sus pautas de manejo. Por ello, el objetivo de esta investigación fue proponer unidades hidrobiológicas continentales con un criterio hidrogeográfico y biológico, para lo cual se reagruparon las zonas hidrográficas oficiales de acuerdo a la composición íctica, la interpretación de la red de drenaje y las características geomorfológicas de las cuencas. Se proponen 28 ecorregiones: seis para la región Caribe, ocho para la Andina, cinco para la Pacífica y nueve cisandinas (cuatro Amazonas y cinco Orinoco). Estas ecorregiones pueden usarse como una herramienta de planificación territorial.