El proceso transdisciplinario de educación-investigación-acción campesina, analizado en el presente artículo, ha tenido por objetivo la construcción de la agroecología en la teoría y la práctica por parte de la organización campesina OCEZ-CNPA en Chiapas, México. Aplicando una metodología basada en la Educación Popular y la Investigación-Acción Participativa, se han regenerado conocimientos agri-culturales, que poseen un potencial de transformación agroecológica. Estos conocimientos se sostienen en identidades y modos de vida campesinos que, a pesar de haber sido colonizados y fragmentados, siguen teniendo raíces profundas que resisten al paradigma de la modernidad. A partir del análisis colectivo de las vivencias y las memorias bioculturales campesinas se comprende el cambio agri-cultural, inducido por la ‘revolución verde’, como una ruptura ontológica y epistemológica. Con una praxis de investigación campesina decolonial se reivindicaron conocimientos, prácticas y valores, que han caracterizado la agricultura maya por milenios. Este análisis condujo a la concepción de una agroecología profunda que reconoce y rescata las ontologías y epistemologías campesinas, constitutivas de paradigmas otros, correspondientes a formas de pensar y habitar el mundo, que difieren del paradigma moderno.