Comparées aux techniques classiques, les techniques d’exploitation forestière à faible impact favorisent la régénération des arbres et la biodiversité du sous-bois. Les traitements sylvicoles post-récolte augmentent le diamètre des arbres ; il reste à évaluer l’effet de ces traitements sur la composition floristique de la forêt. En général, les opérations sylvicoles modifient la diversité floristique. Cependant, avant la première coupe, il n’apparaît pas de changement important de la composition, y compris dans les peuplements dont la structure est modifiée par les traitements d’éclaircie. La dispersion et la germination des semences évoluent suite à la diminution de la faune et au changement des conditions micro-environnementales. Outre des recherches sur les techniques de gestion durable des forêts tropicales et de leur biodiversité, le Catie participe à la mise en place de systèmes de gestion forestière diversifiée et il réalise des études sur l’écologie et la sylviculture d’espèces ligneuses non productrices de bois d’œuvre. De nombreuses pratiques de gestion forestière sont très bien adaptées aux petits agriculteurs, aux coopératives et aux communautés forestières. Au Costa Rica, des coopératives gèrent leur forêt pour l’écotourisme et les produits non ligneux, elles pratiquent l’agriculture sur d’autres portions de terre et reboisent les terres dégradées avec des espèces locales souvent plantées en mélange. Tout en fournissant des produits ligneux, les plantations tropicales contribuent à la séquestration du carbone et à la restauration des terres dégradées. Elles favorisent également la régénération naturelle. La domestication d’espèces prometteuses suppose de sélectionner des arbres remarquables, d’évaluer la variabilité génétique, de contrôler la germination et le stockage des graines, d’évaluer le comportement de l’espèce selon des scénarios sylvicoles et de développer des vergers à graines pour produire des semences génétiquement améliorées.