Estudos foram desenvolvidos visando conhecer a composição do zooplâncton e seu papel como indicador da qualidade ambiental no sistema estuarino de Barra de Jangada. As amostras foram coletadas com redes com 300 μm de abertura de malha, em arrastos horizontais sub-superficiais. Foram identificados 29 taxa, destacando-se Copepoda com as espécies Pseudodiaptomus acutus e P. marshi, as quais são indicadoras de sistemas eutrofizados, evidenciando forte poluição orgânica neste ecossistema.