No Brasil, o aumento no cultivo de organismos aquáticos, tem ocasionado aparecimento e manifestações de enfermidades com grandes prejuízos. Esse problema torna-se preocupante devido ao pouco conhecimento dos aquicultores sobre profilaxia e tratamento adequado. Este trabalho teve por objetivo diagnosticar ectoparasitas e bactérias em Tilápia (Oreochromis niloticus) nos cultivos da região de Paulo Afonso/Bahia. O trabalho foi elaborado na Universidade do Estado da Bahia (UNEB) com participação da Estação de Piscicultura de Paulo Afonso (EPPA), da Companhia Hidro Elétrica do São Francisco (CHESF). Foram realizadas visitas para conhecer o manejo de cultivo em duas estações de produção de alevinos aqui denominadas Estação 01 e 02 e em duas pisciculturas intensivas do setor privado, tanques-rede (TR) e raceways (RC) que trabalham com juvenis até a comercialização. O material colhido nas Estações 01 e 02 apresentaram comprimento médio de 5,8±20 e 3,1±15 cm respectivamente e o procedente dos TR e RC apresentaram pesos médios de 679±165,43 e 531±77,57 g respectivamente. Os alevinos colhidos nas Estações 1 e 2 foram enviados ao laboratório da EPPA em sacos plásticos com água e oxigênio, onde realizou-se raspagem do tegumento e das brânquias para observação em microscópio. No material procedente da comercialização de pescado foi realizado swabs de cérebro e de rim de cinco peixes de cada forma de cultivo, como também exames externos e internos para visualizar sinais clínicos infecções causados por bactérias e, posteriormente enviados ao laboratório para identificação. Os resultados obtidos na Estação de Piscicultura 02 indicaram ectoparasitas de Trichodina sp. E nas pisciculturas intensivas em TR e RC, as bactérias Streptococcus agalactiae e Aeromonas hydrophila. Conclui-se que há necessidade de verificar as condições de manejo de cultivo na Estação de Piscicultura 02, como também nas pisciculturas intensivas em TR e RC, antes de introduzir tratamentos com produtos químicos.