Проведен подбор условий для оценки процесса аутофагии в клетках линии С2С12 методами иммублоттинга (Вестерн блот), проточной цитометрии и иммуноцитохимии. В работе показана необходимость применения детергента дигитонина для раздельной оценки белка LC3 растворимой и нерастворимой фракций. Проведен поиск оптимальных экспериментальных условий в отношении времени, температуры и концентрации растворов для пермеабилизации клеток различными мягкими детергентами. В процессе пробоподгототовки для проведения проточной цитометрии и Вестерн блота доказана необходимость проведения процедур отмывки для получения более специфичного сигнала. При оценке процесса аутофагии методами проточной цитометрии показана целесообразность фиксации клеток параформальдегидом. Получены предварительные результаты о влиянии мутации L345P гена десмина на процесс формирования аутофагосом.Оптимизированные протоколы пробоподготовки и оценки процесса аутофагии при помощи раздельной детекции изоформ белка LC3 в клетках линии С2С12 могут быть использованы для изучения механизмов развития миопатий и кардиомиопатий.