Introducción: cerca del 60% de los recién nacidos de término y el 80% de los prematuros desarrollan ictericia en la primera semana de vida; aproximadamente el 10% de los recién nacidos alimentados con seno materno también lo muestran. Objetivo: determinar la prevalencia de la ictericia neonatal y los factores asociados en recién nacidos atendidos en el Centro de Salud "Carlos Elizalde" de la ciudad de Cuenca-Ecuador, de enero 2019 a diciembre 2020. Metodología: estudio transversal con datos extraídos del sistema de gestión Registro Diario Automatizado de Consultas y Atenciones Ambulatorias (RDACAA) del Ministerio de Salud Pública del Ecuador de la unidad operativa, utilizando historias clínicas de madres y neonatos. Un total de 203 recién nacidos satisficieron los criterios de inclusión establecidos. Los datos fueron procesados en los programas IBM SPSS versión 26 y Microsoft Excel 2019. Se utilizaron medidas de tendencia central para normalidad y desviación estándar para medir la variabilidad. Además, se usó la prueba Chi-cuadrado para identificar los factores de riesgo asociados. Resultados: el 49% de los neonatos presentaron ictericia clínica, siendo la fisiológica la más frecuente; los factores asociados principales fueron la edad del recién nacido (p=0.001), y la incompatibilidad de sangre ABO (p=0.047); no se halló correlación estadística con la presencia de patologías como sepsis, síndrome de dificultad respiratoria, sífilis congénita, gastroenteritis y conjuntivitis (p=0.083). Además, no se identificaron relaciones significativas con otros factores maternos y neonatales. Conclusiones: la ictericia neonatal fue predominantemente fisiológica, destacando la influencia significativa de la edad del neonato y la incompatibilidad ABO.