El objetivo de este artículo es evaluar la relación entre las medidas de desempeño operativo y financiero con la generación de valor en el sector cooperativo colombiano medida a través de la rentabilidad del patrimonio (return on equity [ROE]). Considerando un gap en la literatura que no se ha ocupado con suficiencia de estudiar la gestión financiera de las cooperativas y su impacto en la creación de valor, aplicamos indicadores financieros genéricos y propios del sector en una muestra de 6054 cooperativas colombianas en el periodo de 2011 a 2015. Por medio de un panel de datos no balanceado, se concluye que los indicadores del sector son más explicativos de la generación de valor en estas entidades que los indicadores financieros genéricos, ya que tienen en cuenta rubros inherentes a su objeto social y de mucha significancia para las entidades. Esta investigación abre el camino a estudiar aspectos financieros y organizacionales del sector cooperativo que no han sido muy explorados en la literatura colombiana.