En esta investigación se compararon dos métodos de detección de <em>Spongospora Aterranea </em>f. sp. <em>subte­rranea </em>en raíces de plantas hospederas, mediante observación microscópica y PCR en tiempo real (qPCR). Para esto, se evaluaron 20 especies vegetales que fueron inoculadas con una concentración de 1,25x105 quistosoros.g-1 de suelo. Fue obtenida una muestra de raíz tres meses después de inoculación para determi­nar la presencia de estructuras morfológicas mediante dos metodologías: microscopía de luz previa tinción con azul de tripano y qPCR usando el sistema Taqman con los cebadores SponF y SponR y la sonda especí­fica SponP. Estos cebadores amplifican un fragmento de 138 pb de la región ITS2 del ADN ribosomal. Para cuantificar la concentración de quistosoros en los tejidos evaluados, se realizó una curva estándar a partir de diluciones seriadas de 1,25x107 to 1,25x103 cystosori.mL-1, y se estimó el valor del ciclo umbral (Ct) para cada muestra desconocida con relación a la curva estándar. Finalmente, se analizaron los datos con el coeficiente de Kappa para determinar el grado de concordancia entre ambos métodos. Se encontró que los métodos utilizados presentaron un grado de acuerdo leve (0.19) en la detección e identificación de <em>S. subterranea </em>f. sp. <em>subterranea </em>en raíces de diversas plantas hospederas.