Bilimsel çalışmaların yürütüleceği metodoloji ile ilgili, günümüzde, bazı kaygılar bulunmaktadır. Bu kaygılar, metodolojinin belirli bir takım ilkelere indirgemesinden kaynaklanmaktadır. Oysa bilimsel araştırmaları yürütmenin tek bir metodu olmamalıdır. Bu çalışma’da, Meşşai filozoflar olarak bilinen üç Müslüman filozofun öngördüğü metodolojik ilkeler incelenmektedir. Buna göre, üç Müslüman filozof kendisini tek düze bir metodolojik ilke ile sınırlandırmamaktadır. Bilgi edinme ve bilgiyi işleme, üretme ile ilgili çabalarında çeşitli metodolojiler izledikleri görülmektedir. Onların bu tavırları, günümüzün bilimsel çalışmalarına da ışık tutmaktadır.