El estudio de las agencias de la Unión Europea se ha realizado, explícita o implícitamente, a partir de dos lógicas distintas: una lógica intergubernamental y una supranacional. Ambas lógicas se relacionan con dinámicas más amplias que tienen como objetivo comprender las fuerzas a las que responde el surgimiento de las mismas. Recientemente, diversos autores han señalado que ambas perspectivas pueden considerarse simultáneamente, entendiendo que las agencias de la UE combinan la coordinación intergubernamental y el acceso al poder supranacional con diferentes intensidades, según las temáticas que abordan, en condiciones de aislamiento institucional y una fuerte identidad profesional. Este artículo parte de esta visión integradora para argumentar que las agencias de la UE funcionan como un nuevo tipo de organismo regional transgubernamental que es flexible y se adapta a la nueva era de la gobernanza global, participando en ella activamente. En esta línea, la fragmentación de la soberanía en múltiples niveles y espacios reguladores, donde complejos sistemas sectoriales toman una dimensión global para producir bienes públicos de alcance mundial, conlleva la necesidad de articular estructuras institucionales de carácter hibrido, con elevadas capacidades de interacción multinivel, algo a lo que el diseño institucional de la agencias de la UE responde perfectamente.