Objetivos. Estimar la tasa de mortalidad neonatal y describir las defunciones neonatales ocurridas en el 2011 en hospitales del Ministerio de Salud de las regiones Huanuco y Ucayali, Peru. Materiales y Metodos .Estudio transversal realizado de septiembre a noviembre de 2012 en Huanuco y Ucayali. Se revisaron los registros de las defunciones neonatales ocurridas en el 2011 en municipalidades provinciales, direcciones regionales de salud y cuatro hospitales de referencia. Para el calculo de las tasas de mortalidad se utilizaron las fuentes de informacion mas confiables por region. La revision de 185 historias clinicas en los hospitales permitio describir las causas basicas de las muertes neonatales. Resultados. En el 2011 se reportaron en Huanuco 10 886 recien nacidos vivos y 158 muertes neonatales, con una tasa de 14,5 muertes por 1000 nacidos vivos. En Ucayali, se reportaron 11 441 recien nacidos vivos y 138 muertes neonatales, con una tasa de 12,1 muertes por 1000 nacidos vivos. La mayoria de muertes neonatales hospitalarias ocurrieron en los primeros 7 dias de vida (87%), en neonatos prematuros (73,9%) y con bajo peso al nacimiento (67%). Las causas basicas mas frecuentes en las muertes neonatales fueron: infeccion (31,4%), malformacion congenita (22,2%) y prematuridad (18,9%). . Conclusiones La tasa de mortalidad neonatal en las regiones estudiadas fue superior a la media nacional. Los resultados sugieren la necesidad de intervenciones efectivas e integrales durante el embarazo, parto y periodo posnatal temprano; siendo este ultimo periodo el de mayor vulnerabilidad en el neonato