La interculturalidad en salud es un concepto reciente que se desarrolla como respuesta a reivindicaciones de pueblos indígenas y de su derecho a la identidad cultural; pero también corresponde a una tendencia global de incorporar el derecho a la diferencia, que distingue y propicia la convivencia entre distintos grupos culturales en un mismo territorio. El artículo discute, desde una perspectiva histórica, el desencuentro original entre poblaciones indígenas americanas y los conquistadores europeos y como este ha marcado en adelante su acceso a los servicios de salud. Se plantean y discuten algunos de los múltiples problemas actuales vinculados a la interculturalidad como la identificación de los indígenas y la relación entre derechos humanos e interculturalidad, para finalmente presentar una revisión de la génesis del concepto de interculturalidad en salud y una muestra de su complejidad de adaptación a la medicina científica a través de los conflictos que derivan del concepto de síndrome cultural.