Reportamos la aplicación de las técnicas moleculares PCR-RFLP para la confirmación de infecciones por Bartonella bacilliformis. El método de PCR-RFLP se basa en la amplificación in vitro de un fragmento de 380 pb correspondiente al gen citrato sintetasa a partir de sangre y cultivos in vitro. El análisis del producto de amplificación por cortes con las enzimas restricción Hinfl y Taql permite caracterizar molecularmente que el brote ocurrido en Urubamba, Cuzco fue producido por Bartonella bacilliformis. Este método es aplicado directamente a sangre y a cultivos.