Este artículo de reflexión presenta algunos asuntos problemáticos de los laboratorios ciudadanos en el contexto educativo. En estos espacios se busca trabajar de manera democrática y abierta la experimentación social y la innovación ciudadana con el apoyo de herramientas tecnológicas análogas y digitales. A pesar de su creciente interés en la literatura académica y la postura entusiasta que suele despertar en las escuelas y universidades, poco se han explicitado las falencias y limitaciones de estas iniciativas en el ámbito educativo. Este artículo presenta tres asuntos problemáticos: la aprendificación del discurso educativo; la corrosión del carácter en un contexto de nuevo capitalismo; y la crisis silenciosa de la educación en relación con las humanidades y las artes. Se concluye que un reto importante sigue siendo establecer puentes entre lo que pasa en los espacios educativos no formales e informales y lo que acontece en las instituciones educativas formales como las escuelas y universidades.