Antecedentes: El manejo humano de las plantas puede modificar los niveles y la distribución de su diversidad genética. Preguntas: ¿Cómo es la estructura filogeográfica de Crescentia alata y cómo se asocia con cambios climáticos? ¿Qué tan diversos genéticamente son los huertos y qué impacto tiene el manejo de los árboles sobre esta diversidad? Especie de estudio: Crescentia alata Kunth (Bignoniaceae). Sitio y fechas de estudio: México y Centroamérica 2009-2011. Métodos: Se evaluaron 243 individuos de 10 poblaciones de huerto y 25 poblaciones silvestres. Se identificaron haplotipos con base en seis loci de microsatélites de cloroplasto, y sus relaciones se reconstruyeron con una red de unión de medianas. Se estimaron la diversidad haplotípica y la estructuración genética con los índices RST, GST y AMOVA, y se evaluó la presencia de barreras geográficas. Se evaluó la hipótesis de un crecimiento demográfico con la distribución de diferencias pareadas y se proyectó la distribución geográfica potencial al Holoceno Medio, Último Máximo Glacial y Último Inter Glacial. Resultados: Se observó un patrón latitudinal de estructura filogeográfica y se detectaron barreras geográficas en la costa norte del océano Pacífico y el Istmo de Tehuantepec. Se detectó un crecimiento demográfico, probablemente asociado a condiciones ambientales glaciales. La mayoría de los árboles de huertos son tolerados y portan haplotipos compartidos con poblaciones silvestres simpátricas. Conclusiones: El manejo humano no ha modificado la estructura filogeográfica natural de C. alata y los huertos constituyen un reservorio genético donde se favorecen procesos de introgresión mediados por propagación vía semilla.