Com a aceitação dos métodos e programas de pesquisa desenvolvidos por Georges Cuvier para o estudo dos fósseis, a Paleontologia teve seu primeiro paradigma kuhniano instalado. Joseph Leidy iniciou seus trabalhos sob esta orientação teórica e metodológica e praticou, no âmbito da Paleontologia, o que Thomas Kuhn denominou de ciência normal. Entretanto, com o acúmulo de dados provenientes de seus trabalhos taxonômicos, Leidy identificou algumas questões que não podiam ser respondidas sob a luz do paradigma cuvieriano. Somente o novo paradigma, o evolutivo, podia respondê-las e, desta forma, Leidy aderiu às teorias evolucionistas de Charles Darwin. Este processo de transição de um naturalista treinado sob uma orientação, e que passa a trabalhar sob uma nova, é analisado neste trabalho, levando-se em consideração as peculiaridades da aplicação da estrutura prevista por Kuhn em uma disciplina como a Paleontologia. Diferentemente do rompimento epistemológico previsto por Kuhn, na mudança de paradigma na Paleontologia, diversos paleontólogos continuaram a trabalhar orientados pelo velho paradigma, mas produzindo dados utilizáveis pelos evolucionistas. Leidy foi um deles, porém sua transição foi mais adiante, pois, a partir de 1859, gradualmente, ele começou a utilizar relações de ancestralidade e a seleção natural como explicações para as semelhanças morfológicas existentes entre as espécies que se sucederam ao longo da história da vida.