OBJETIVO: Analisar a cobertura qualitativa das politicas terapeuticas no Sistema Unico de Saude (SUS), no âmbito federal, para doencas referidas em acoes judiciais. METODOS: Realizou-se pesquisa exploratoria com base em uma amostra de doencas referidas em acoes judiciais impetradas contra a Secretaria Municipal da Saude de Sao Paulo em 2005. Efetuou-se uma busca das normas que estabelecem politicas terapeuticas nas paginas eletronicas do Ministerio da Saude e sobre os recursos terapeuticos recomendados (medicamentos e procedimentos cirurgicos) na base de dados Diseasedex, integrante do sistema Micromedex. Elaborou-se quadro-resumo, analisando-se para cada doenca a cobertura por politica terapeutica federal vigente, em funcao da inclusao de medicamentos ou procedimentos recomendados nesta politica como primeira linha de tratamento. RESULTADOS: O atendimento terapeutico esta contemplado para a maioria das doencas (n = 26), seja por meio de politica da atencao basica, seja por meio de politica para doencas raras e/ou de alto custo, o que representa 96% das doencas da amostra estudada (n = 27). Observou-se que das 27 doencas, tres delas estao contempladas por politica terapeutica limitada, ou seja, a politica nao oferece as abordagens de primeira escolha em sua totalidade, o que corresponde a 11% da amostra. A unica doenca que nao esta contemplada por politica terapeutica e o transtorno do deficit de atencao e hiperatividade. CONCLUSAO: Existem limitacoes em termos de cobertura qualitativa para o tratamento de algumas doencas da amostra estudada, em âmbito federal, o que compromete a integralidade da assistencia terapeutica e da atencao a saude em alguns casos.