A Medicina Baseada em Evidências (MBE) tem contribuído para atualizar cientificamente as decisões diagnósticas e terapêuticas. Contudo, sua aplicação às medicinas tradicionais, complementares e integrativas (MTCI) enfrenta desafios, sobretudo na Atenção Primária à Saúde (APS). Este ensaio analisa os problemas da aplicação da MBE às MTCI na APS; argumenta contra a tendência de limitar essa aplicação à mera avaliação da qualidade metodológica de evidências quantitativas; e defende a insuficiência da MBE como critério único para validar as MTCI na APS, ressaltando a necessidade de considerar a complexidade dessas práticas e de exercer a MBE de forma plena, integrando a avaliação crítica das melhores evidências científicas, a experiência dos profissionais, as preferências e valores dos usuários e as circunstâncias do cuidado – pilares consensuais da MBE que, frequentemente, não são aplicados de maneira equilibrada. Assim, a MBE teria maior utilidade na integração das MTCI à assistência à saúde na APS.