Dnia 4 lipca 2015 roku Jego Świątobliwość Benedykt XVI, emerytowany papież, otrzymał w Castel Gandolfo godność doktora honoris causa dwóch krakowskich uczelni: Akademii Muzycznej w Krakowie i Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie. 20 kwietnia 2015 roku Senat Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie po wysłuchaniu recenzji nadał stopień doktora honoris causa papieżowi emerytowi Benedyktowi XVI. W uzasadnieniu zostało zapisane, że doktorat zostaje przyznany za: „wielki szacunek dla tradycji muzycznej Kościoła oraz niezwykłą wrażliwość na dialog muzyki z wiarą; okazywanie, przez wiele lat na wszystkich stanowiskach, jakie piastował, szczególnej troski o szlachetne piękno muzyki kościelnej i jej właściwe miejsce w sprawowaniu świętych obrzędów liturgicznych Kościoła; podkreślenie w swoim nauczania znaczenia via pulchritudinis – drogi piękna, która może stać się drogą poznania i wielbienia Boga dla współczesnego człowieka; odważne dawanie swoim życiem, posługą, nauczaniem i pracą naukową świadectwa Prawdzie, która umacnia wiarę chrześcijańską w czasach duchowego zamętu spowodowanego przez liberalizm, postmodernizm i relatywizm oraz niestrudzone dążenie do przywrócenia Europie jej duchowego wymiaru; za życzliwe wsparcie działań uczelni zmierzających do przekształcenia Papieskiej Akademii Teologicznej w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie”.22 kwietnia 2015 roku Senat Akademii Muzycznej w Krakowie przyjął uchwałę Rady Wydziału Twórczości, Interpretacji i Edukacji Muzycznej, a po wysłuchaniu wyjątków z recenzji nadał stopień doktora honoris causa papieżowi emerytowi Benedyktowi XVI. Wyznaczył też Senat na laudatora prof. Stanisława Krawczyńskiego. W uzasadnieniu uchwały Senatu Akademii Muzycznej w Krakowie zapisano, że tytuł zostaje nadany za: „wskazanie swoim przykładem wzorców postawy moralnej i obywatelskiej w wymiarze głęboko religijnym i humanistycznym; nauczanie, w którym odnosi się do wartości najwyższych, niezmiennie obecnych w ludzkim życiu i twórczości; umiłowanie muzyki i wskazanie jej szczególnej roli jako integralnej części uroczystej liturgii Kościoła katolickiego towarzyszącej człowiekowi w akcie wyznania wiary”.Papież emeryt Benedykt XVI podziękował raz jeszcze za uznanie, z jakim się spotkał w sprawie nadania mu doktoratów honoris causa. Papież powiedział: „cieszę się przede wszystkim, że w ten sposób jeszcze bardziej pogłębił się mój związek z Polską, z Krakowem, z ojczyzną naszego wielkiego świętego Jana Pawła II. Bez niego bowiem trudno sobie nawet wyobrazić moją drogę duchową i teologiczną. Swoim żywym przykładem ukazał on nam również, jak mogą się ze sobą łączyć radość wielkiej muzyki sakralnej i zadanie wspólnego uczestnictwa w liturgii, podniosła radość i pokorna prostota celebracji wiary”. Następnie, przypominając historię odnowy muzyki kościelnej, zwrócił uwagę na szczególne umiłowanie przez siebie muzyki Mozarta. „Na trwałe, na przykład, wpisało się w moją pamięć, że skoro tylko zabrzmiały pierwsze nuty Mszy koronacyjnej Mozarta, to jakby otwierało się niebo i można było bardzo głęboko odczuć obecność Pana”. Ważne wydaje się stwierdzenie dotyczące pewnego napięcia na linii participatio actuosa i miejsca muzyki kościelnej w dzisiejszej liturgii, zwłaszcza tej uroczystej z chórem i orkiestrą. Genialne wręcz stało się postawione w tym także kontekście pytanie papieża emeryta: „Czym właściwie jest muzyka? Skąd pochodzi i do czego zmierza? Myślę, że można wskazać trzy «miejsca», z których wypływa muzyka”. I tu nastąpiła prawdziwie prorocza wizja dotycząca miejsca muzyki w dzisiejszej liturgii. Wymieniając więc owe trzy „miejsca”, z których wypływa muzyka, papież mówił, że pierwszym jej źródłem jest doświadczenie miłości, drugim źródłem muzyki jest doświadczenie smutku, dotknięcie śmiercią, bólem i otchłaniami istnienia, trzecim miejscem pochodzenia muzyki jest spotkanie z tym, co Boże, od początku w jakiejś mierze definiującym to, co ludzkie. Dla Międzyuczelnianego Instytutu Muzyki Kościelnej w Krakowie, dla pedagogów i studentów jednostki, która inspirowała całe wydarzenie i łączy obie uczelnie wspólnie prowadzonym kierunkiem studiów muzyka kościelna, to słowa mobilizujące do dalszej wytężonej pracy w służbie pięknu wiary. Wzruszające były także słowa wypowiedziane przez papieża w języku polskim: „Niech Pan was błogosławi!”.