La determinación de anticuerpos antitiroideos es parte importante de la evaluación del paciente con enfermedad tiroidea y su presencia se asocia con la reacción inflamatoria del tiroides. La mayor utilidad de medir anticuerpos anti-peroxidasa (TPO) es el diagnóstico de enfermedad autoinmune del tiroides, concretamente tiroiditis de Hashimoto. Los anticuerpos contra TPO también son una herramienta importante en la evaluación de la mujer antes y después de la gestación. Los anticuerpos contra la tiroglobulina (Tg) deben determinarse a la par que las mediciones de Tg en el seguimiento de los pacientes con cáncer diferenciado de tiroides. Los anticuerpos contra el receptor de TSH pueden ser estimuladores o bloqueadores. Los primeros son característicos de la enfermedad de Graves. Concentraciones elevadas de anticuerpos contra TSH después del tratamiento con fármacos antitiroideos indican un alto riesgo de recidiva.