Objetivo. Identificar los cambios ocurridos en las condiciones de vida y salud en municipios indígenas de Yucatán, México, entre los años 1990 y 2005. Metodología. El estudio fue de tipo transversal y comparativo. Se utilizaron dos indicadores: índice de marginación social, con el que se determinó la situación socioeconómica, y la tasa de mortalidad infantil como indicador indirecto de las condiciones de salud. Se realizó un análisis estadístico y un análisis cartográfico simple y relacional. Resultados. De 1990 a 2005, empeoraron las condiciones de vida y de salud en los municipios de Yucatán. Sin embargo, en los indígenas el deterioro fue mayor; el porcentaje de municipios con grado alto y muy alto de marginación fue más elevado en estos municipios (77% en 1990 y 92% en 2005) que en los no indígenas (16% y 30%). También la frecuencia de municipios que presentó tasas de mortalidad infantil con grados alto y muy alto fue mayor en los indígenas (46% en 1990 y 48% en 2005) que en los no indígenas (16% y 27%, respectivamente). Entre 1990 y 2005 aumentó el número de municipios que tuvieron grado alto de marginación y al mismo tiempo grado alto de mortalidad infantil (de 33% pasó a 46%). Se encontró una asociación estadísticamente significativa entre la tasa de mortalidad infantil y el índice de marginación. Conclusiones. Las condiciones de vida y de salud de las poblaciones indígenas de Yucatán se agravaron de 1990 a 2005. Los resultados sugieren que es urgente reducir las desigualdades socioeconómicas y de salud que prevalecen en Yucatán.