La mayor diversidad de gasterópodos en arrecifes coralinos se encuentra en individuos de tallas menores a 10 mm conocidos como microgasterópodos. Sin embargo, se conoce poco sobre la relación entre la diversidad de este grupo y el sustrato en el que habitan. Se evaluó la diversidad de microgasterópodos pertenecientes a la criptofauna en dos tipos de sustrato coralino (inerte y vivo) en los arrecifes La Azufrada y El Muelle del PNN Gorgona, Pacífico colombiano. Se encontraron 2422 microgasterópodos en 29 familias y 60 especies; 23 especies son nuevos registros para el PNN Gorgona. Las especies más abundantes fueron Amphithalamus vallei y Barleeia sp.1, las cuales representaron el 73 % de la abundancia total. La mayor riqueza y densidad se presentaron en sustratos coralinos inertes. Considerando la cobertura de coral a lo largo del arrecife, las zonas con alta cobertura coralina (> 70 %) presentaron alta riqueza de microgasterópodos, pero bajas densidades. El patrón opuesto se presentó en las zonas con baja cobertura de coral (< 30 %), mientras que la diversidad de los microgasterópodos fue alta en las zonas del arrecife con cobertura intermedia. Los microgasterópodos presentaron una alta diversidad en los arrecifes coralinos del PNN Gorgona, donde los sustratos inertes al ofrecer alimento y refugio favorecieron mayores densidades y diversidad. Tanto las zonas con alta y baja cobertura coralina son importantes para la estructura de la comunidad de los microgasterópodos, las primeras favorecen mayor diversidad, mientras que las segundas mayores densidades.