Colombia, país localizado al norte de Suramérica, afronta diferentes conflictos socioambientales y es uno de los más contaminados por mercurio en el mundo, situación que amenaza la riqueza natural y la biodiversidad del neotrópico, reconocida por sus altos niveles de endemismos. El complejo de humedales de Ayapel (Sitio Ramsar) ubicado al norte del país, reporta el desembarco del 23 % de la producción pesquera de la macrocuenca Magdalena-Cauca y a su vez sufre alta presión por minería de aluvión. Este trabajo evaluó la presencia de dos disruptores endocrinos, mercurio (Hg) y arsénico (As), en peces de consumo humano, agua y sedimentos, colectados en las ciénagas central de Ayapel, Escobillas y Paticos. En el sedimento y en el agua se registraron concentraciones de arsénico no reportadas previamente, y al ser un cancerígeno, es un hallazgo relevante ya que también puede estar presente en los cultivos de arroz, lo que aumenta el riesgo toxicológico para los pobladores de la región. Adicionalmente, el 96 % de los peces presentaron simultáneamente Hg y As con diferencias estadísticamente significativas entre las especies. El blanquillo (Sorubim cuspicaudus) fue el más contaminado por ambos polutantes y el bocachico (Prochilodus magdalenae) registró el nivel más alto de Hg en los últimos 15 años para la zona. Los niveles de Hg en la ictiofauna de la macrocuenca (1993-2020) alertan sobre los impactos no monitoreados en las redes tróficas y la urgencia de acciones intersectoriales para proteger la biodiversidad y la salud humana.