Sejm pacyfikacyjny, obradujący od 6 marca do 18 (23?) kwietnia, miał uporządkować stosunki wewnętrzne państwa, także określić politykę Rzeczypospolitej w Wołoszczyźnie i Mołdawii oraz w stosunku do państwa moskiewskiego. Miano na nim także ustalić stanowisko wobec zwolenników arcyksięcia Maksymiliana. Niezależnie od tego, Jan Zamoyski przygotował projekt reformy elekcji, a część episkopatu szykowała się do ataku przeciwko konfederacji warszawskiej z 1573 r. Zamierzano też przeprowadzić korekturę prawa. Niezależnie od tego oczekiwano konfrontacji dwóch odłamów stronnictwa królewskiego: zwolenników kanclerza Zamoyskiego i marszałka Andrzeja Opalińskiego . Jest to tylko część problematyki sejmu z 1589 r., lecz wystarczająco ważnej, by zrozumieć jak niebagatelną rzeczą stał się jego skład osobowy. Nie można było wprawdzie zmienić aktualnego senatu, lecz można było skłonić do przyjazdu na obrady poszczególnych senatorów, jak również wpłynąć na wybór odpowiednich posłów za pomocą umiejętnej propagandy. Zadania te stanęły przed młodym królem, dla którego sejm „pacyfikacyjny" miał być po koronacji pierwszym walnym sejmem.