Introdução: a clorexidina demonstra resultados efetivos na Endodontia como uma substância de irrigação ou como medicação intracanal. Objetivo: o objetivo do presente estudo foi revisar a literatura sobre as propriedades da clorexidina, enfatizando novos achados sobre o uso dessa substância como uma medicação intracanal e como uma substância de irrigação. Métodos: foi realizada uma pesquisa nos bancos de dados online Bireme e Google Scholar, usando como palavras-chave as substâncias de irrigação clorexidina e hipoclorito de sódio, restringindo a pesquisa ao período de 2000 a agosto de 2015. Resultados: verificou-se que a clorexidina apresenta uma ampla gama de propriedades que aumentam seu potencial como uma substância de irrigação, quando comparada ao hipoclorito de sódio, como: efeito antimicrobiano, substantividade e baixa toxicidade. Devido a todas as características mencionadas anteriormente, a clorexidina tem sido considerada uma perspectiva inovadora no tratamento de infecções endodônticas, embora o hipoclorito de sódio ainda seja a substância de irrigação de escolha entre os clínicos. Conclusão: esse estudo demonstrou que a clorexidina é uma alternativa efetiva para a desinfecção e o tratamento dos canais radiculares.